科技日報記者?張夢然

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細菌和超級計算機有什么區(qū)別？區(qū)別是細菌更“高級”，因為它有更多的回路和更強的處理能力。

所有生命都在“計算”。從響應(yīng)化學信號的單個細胞，到在特定環(huán)境中航行的復雜生物體，信息處理是生命系統(tǒng)的核心。經(jīng)過數(shù)十年的嘗試，科學家終于開始收集細胞、分子甚至整個生物體，來為人類自己的目的執(zhí)行計算任務(wù)。

真菌可能與標準電子設(shè)備相連。圖片來源：安德魯·阿達馬茨基

從本質(zhì)上講，計算機也只是信息處理器，而且人們越來越認識到大自然擁有豐富的這種能力。最明顯的例子是復雜生物體的神經(jīng)系統(tǒng)，它能處理來自環(huán)境的大量數(shù)據(jù)并對各種復雜的行為“下指令”。但即使是最小的細胞，也充滿了復雜的生物分子通路，這些通路響應(yīng)輸入信號，打開和關(guān)閉基因、產(chǎn)生化學物質(zhì)或進行自我組織。

最終，生命中所有令人難以置信的壯舉，都依賴于DNA存儲、復制和傳遞遺傳指令的能力。

如何構(gòu)建一臺生物計算機？

生物系統(tǒng)有自身的獨特優(yōu)勢：更緊湊、能源效率更高、可自我維持和自我修復，而且特別擅長處理來自自然界的信號。

在過去的20年里，強大的細胞和分子工程工具讓人們終于能在構(gòu)建生物計算機領(lǐng)域邁出一步。

美國麻省理工學院生物合成學家克里斯托弗·沃伊特說，該方法的核心是“生物電路”，類似于計算機中的電子電路。這些電路涉及各種生物分子相互作用以獲取輸入，并對其進行處理以產(chǎn)生不同的輸出，就像它們的硅對應(yīng)物一樣。通過編輯支撐這些過程的遺傳指令，人們現(xiàn)在可以重新連接這些電路以執(zhí)行自然界從未計劃的功能。

2019年，瑞士聯(lián)邦理工學院利用CRISPR技術(shù)，構(gòu)建了相當于計算機中央處理器（CPU）的生物等效物。這個CPU被插入一個細胞，在那里它調(diào)節(jié)不同基因的活動以響應(yīng)專門設(shè)計的RNA序列，使細胞實現(xiàn)了類似于硅計算機中的邏輯門。

印度薩哈核物理研究所在2021年更進一步，誘使一群大腸桿菌計算簡單迷宮的解決方案。該電路分布在幾個大腸桿菌菌株之間，每個菌株都被設(shè)計用來解決部分問題。通過共享信息，該電路成功地實現(xiàn)了如何在多個迷宮中導航。

大多數(shù)生物系統(tǒng)并不同于經(jīng)典計算機的二進制邏輯，它們也不會像計算機芯片那樣一步步解決問題。它們充滿了重復、奇怪的反饋循環(huán)和以不同速度并排運行的截然不同的過程。

更怪異的是，生物的計算能力還能完全脫離其自然環(huán)境。瑞典隆德大學科學家正在試驗一種完全不同的生物計算方法，使用由分子馬達驅(qū)動的微小蛋白質(zhì)絲圍繞迷宮推進。迷宮的結(jié)構(gòu)經(jīng)過精心設(shè)計，而細絲能同時探索所有路線。這意味著解決更大的問題不需要更多的時間，只需要更多的細絲。

重新設(shè)計生物系統(tǒng)會帶來什么？

但美國馬薩諸塞州塔夫茨大學的邁克爾·萊文認為，生命系統(tǒng)已經(jīng)在生物學的各個層面展示了令人驚嘆的計算壯舉，人們應(yīng)該將重點從嘗試重新設(shè)計生物系統(tǒng)，轉(zhuǎn)移到尋找與現(xiàn)有系統(tǒng)交互的方法。

萊文實驗室已經(jīng)證明，他們可以操縱細胞之間的電通信，幫助它們決定如何以及在哪里生長。舉個恐怖的例子，這可能讓蝌蚪的內(nèi)臟上長出眼睛，或讓青蛙長出額外的腿。它并不等同于計算，但團隊認為它代表了如何將自然界預(yù)先存在的電路折射為一個“新目標”。類似的方法可用來解決廣泛的計算任務(wù)。

此外，真菌計算的深奧領(lǐng)域也正在顯示其應(yīng)用潛力。英國布里斯托爾西英格蘭大學研究顯示，真菌在感知pH值、化學物質(zhì)、光線、重力和機械應(yīng)力等方面具有的能力令人印象深刻。它們似乎使用電活動的尖峰進行交流，這開辟了將它們與傳統(tǒng)電子設(shè)備連接的前景。

類器官智能有多智能？

要探尋生物計算，離不開人們迄今已知的最強大計算設(shè)備：大腦。

實驗室培養(yǎng)的腦細胞可用于計算。圖片來源：托馬斯·哈滕/約翰斯·霍普金斯大學

當前組織工程學的進步意味著，科學家們可從干細胞中培育出相當于微型大腦的復雜神經(jīng)元簇，也就是“大腦類器官”。與此同時，能將信號傳輸?shù)侥X細胞并能解碼它們的反應(yīng)，意味著人們已經(jīng)開始試驗類器官的記憶和學習能力。

今年早些時候，美國約翰斯·霍普金斯大學團隊概述了“類器官智能”這一新領(lǐng)域的愿景。目標與人工智能相反：他們不會讓計算機更像大腦，而是試圖讓腦細胞更像計算機。

初創(chuàng)公司Cortical已可訓練在硅芯片上培養(yǎng)的人類腦細胞來玩電子乒乓游戲Pong。而在它們的新軟件中，任何具有基本編碼技能的人都能為“培養(yǎng)皿大腦”編程。

不過，所有這些生物計算方法目前都遠未成為主流。與設(shè)計和制造硅芯片的能力相比，人們操縱生物學的能力仍處于初級階段。但生物計算的巨大潛力和投入生物技術(shù)的數(shù)十億美元，將在未來幾年為這個領(lǐng)域帶來快速進步。

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